Reforma tributária: o que muda na tributação das clínicas médicas?

A Reforma Tributária aprovada por meio da Emenda Constitucional nº 132/2023, e regulamentada pela Lei Complementar nº 192/2024, bem como, por outras normas complementares, está promovendo um grande transformação no sistema de tributos do Brasil.

A proposta de unificação de tributos federais, estaduais e municipais em dois novos impostos (IBS e CBS), a possível mudança de alíquotas efetivas e a redução de benefícios fiscais representam um novo cenário que exige planejamento tributário, reorganização societária e ajustes operacionais por parte dos gestores das clínicas.

Neste artigo, a equipe da Contabiliza+ Contabilidade explica, com profundidade, o que muda na tributação das clínicas médicas com a reforma, os novos tributos criados, os efeitos para os principais regimes de apuração, e como as clínicas devem se preparar para enfrentar essa transição de forma segura e estratégica.

Como funciona a tributação das clínicas médicas antes da reforma?

Antes de falarmos sobre as mudanças, é essencial entender o funcionamento atual da tributação das clínicas médicas. Hoje, os estabelecimentos podem optar, na maioria dos casos, entre os seguintes regimes:

1.Simples Nacional

É o regime preferido de clínicas de menor porte. A tributação acontece com base no Anexo III ou Anexo V da Lei Complementar nº 123/2006, dependendo da relação entre folha de pagamento e faturamento (o chamado Fator R).

Com o Fator R acima de 28%, a clínica é enquadrada no Anexo III, com alíquotas iniciais a partir de 6%, tornando-se muito vantajoso.

➡️ Tributos incluídos no DAS (Documento de Arrecadação do Simples Nacional):

• IRPJ 
• CSLL 
• PIS 
• COFINS 
• ISS 
• INSS patronal (em parte)

2.Lucro Presumido

Clínicas com faturamento anual de até R$ 78 milhões podem optar por este regime. A base de cálculo é determinada por presunções da Receita Federal — no caso de serviços médicos, 32% sobre a receita bruta.

➡️ Cargas típicas:

• IRPJ: 15% sobre 32% da receita 
• CSLL: 9% sobre 32% da receita 
• PIS: 0,65% 
• Cofins: 3% 
• ISS: entre 2% e 5% (municipal) 
• INSS Patronal: 20% sobre folha

Clínicas que faturam mais de R$ 30 mil por mês, mas têm poucos funcionários, podem pagar menos imposto com o Lucro Presumido do que com o Simples Nacional no Anexo V.

3.Lucro Real

Mais comum em grandes clínicas, grupos hospitalares e clínicas com margens apertadas ou obrigações específicas. 

O IRPJ e a CSLL são calculados com base no lucro efetivo, e os créditos de PIS e COFINS (regime não cumulativo) podem ser aproveitados.

➡️ Apesar de ser um regime mais complexo, pode ser vantajoso para clínicas com altas despesas dedutíveis.

Quais os principais tributos pagos pelas clínicas médicas hoje?

Em qualquer regime, clínicas médicas enfrentam atualmente uma carga composta por:

• Impostos sobre faturamento (ISS, PIS, COFINS, IRPJ e CSLL) 
• Tributos previdenciários (INSS sobre a folha e pró-labore) 
• Retenções na fonte em alguns contratos com convênios e hospitais 
• Tributação sobre o pró-labore dos sócios.

A legislação permite certa flexibilidade na escolha do regime, o que faz com que o planejamento tributário seja uma ferramenta fundamental para pagar menos impostos de forma legal.

Contudo, com a reforma tributária, parte dessa flexibilidade pode deixar de existir, exigindo uma reorganização da forma como as clínicas operam — tanto no aspecto jurídico quanto contábil.

O que a reforma tributária muda na prática?

A reforma tributária, em vigor a partir de 2026 com transição até 2033, traz uma série de mudanças estruturais que afetam diretamente as clínicas médicas — tanto aquelas optantes pelo Simples Nacional, quanto as que estão no Lucro Presumido ou Lucro Real. 

As novas regras unificam tributos sobre o consumo, alteram alíquotas e reduzem benefícios específicos para prestadores de serviço, o que pode aumentar a carga tributária de parte do setor de saúde.

Vamos entender cada mudança com profundidade:

Substituição dos tributos por CBS e IBS

A base da reforma está na substituição de cinco tributos por dois impostos sobre valor agregado (IVA):

• PIS e COFINS → serão unificados na Contribuição sobre Bens e Serviços (CBS), de competência federal. 
• ICMS e ISS → serão unificados no Imposto sobre Bens e Serviços (IBS), gerido por estados e municípios. 
• O ISS, atualmente pago pelas clínicas sobre o faturamento, será extinto e incorporado ao IBS.

Esses dois novos tributos serão cobrados de forma não cumulativa, com direito a crédito amplo em toda a cadeia. Na prática, isso significa que clínicas médicas poderão se creditar de impostos pagos na aquisição de bens, serviços, e insumos — algo que atualmente não acontece no Simples Nacional e no Lucro Presumido.

Contudo, essa mudança vem acompanhada de alíquotas mais altas, o que pode tornar a tributação significativamente maior para clínicas que hoje operam com margens enxutas e carga reduzida.

Alíquotas estimadas para serviços médicos

A estimativa do governo é que a alíquota padrão da CBS + IBS fique entre 26,5% e 27,5%, conforme os estudos da Receita Federal e relatórios da Câmara dos Deputados.

Apesar de setores como educação, saúde, transporte e alimentos terem direito a redução de 60% da alíquota, a carga líquida ainda pode ser maior do que a atual.

➡️ Como ficará a carga efetiva para clínicas médicas?

• Se a alíquota total for 27%, com redução de 60%, a carga líquida será de 10,8%. 
• Hoje, muitas clínicas pagam entre 6% e 8% no Simples Nacional ou 13,33% no Lucro Presumido (considerando ISS, IRPJ, CSLL, PIS e Cofins). 
• Isso significa que clínicas no Simples podem ter aumento de carga, enquanto clínicas no Presumido ou Real podem ter impacto menor ou até redução, se aproveitarem corretamente os créditos.

Fim de regimes especiais para profissionais liberais?

A reforma também traz preocupação para clínicas formadas por profissionais liberais organizados como sociedade uniprofissional. Muitos desses negócios pagam ISS fixo por profissional, em valores baixos, e não sobre o faturamento.

Com o fim do ISS e a adoção do IBS, essa sistemática tende a ser extinta. O IBS será cobrado sobre o valor total da receita, sem exceções para profissionais da saúde.

Isso pode triplicar ou quadruplicar a carga tributária de pequenos consultórios e clínicas que hoje pagam valores simbólicos de imposto municipal.

➡️ Impacto direto: maior carga para clínicas de pequeno porte que se beneficiam da tributação fixa por profissional.

Como ficam o Simples Nacional e o Fator R?

O Simples Nacional será mantido, mas os optantes continuarão recolhendo DAS com os tributos federais e estaduais separados, além de CBS e IBS de forma apartada em algumas hipóteses.

A principal preocupação está na possível perda de competitividade do Simples Nacional frente a outros regimes. Hoje, clínicas enquadradas no Anexo III (com Fator R > 28%) pagam alíquota inicial de apenas 6%. Com a nova carga mínima de 10,8% da CBS + IBS, a vantagem pode desaparecer.

Além disso, a legislação ainda não esclareceu se o Fator R continuará existindo, o que pode dificultar o planejamento das clínicas que utilizam mão de obra intensiva como critério para pagar menos imposto.

➡️ Ou seja, a permanência no Simples pode deixar de ser a melhor opção tributária para muitas clínicas.

Impactos para clínicas no Lucro Presumido e Lucro Real

Clínicas que já estão no Lucro Presumido ou Lucro Real sentirão mudanças importantes:

• A CBS e o IBS substituirão PIS, COFINS e ISS, com crédito amplo; 
• A base de cálculo será o valor total da receita (sem presumir 32%); 
• O ISS municipal deixará de existir, padronizando a tributação; 
• O uso de créditos tributários poderá reduzir a carga líquida, especialmente para clínicas que contratam muitos serviços, aluguéis ou compram equipamentos.

Essas mudanças podem tornar o Lucro Real mais vantajoso para clínicas com despesas elevadas, já que será possível abater créditos da nova CBS e IBS.

➡️ No entanto, clínicas de pequeno e médio porte que hoje estão no Lucro Presumido poderão ter aumento de carga se não tiverem despesas dedutíveis suficientes.

Como será a transição para o novo modelo?

A reforma tributária não será implantada de forma imediata. A legislação prevê um período de transição gradual entre 2026 e 2033, para que empresas e contribuintes se adaptem ao novo modelo. 

Durante esse tempo, haverá a convivência de dois sistemas tributários: o antigo (PIS, COFINS, ICMS e ISS) e o novo (CBS e IBS).

Essa fase de adaptação será crucial para que clínicas médicas reorganizem sua estrutura contábil, avaliem cenários e façam simulações tributárias. Aquelas que se anteciparem poderão mitigar aumentos de carga e até encontrar oportunidades de economia.

Fases da transição (2026 a 2033)

O cronograma da Reforma Tributária está dividido em três momentos principais:

📌 2026 – Início da CBS (teste do novo modelo federal)

• A CBS (Contribuição sobre Bens e Serviços) entra em vigor de forma isolada, com alíquota inicial de 1%, exclusivamente para fins de teste e adaptação. 
• Os tributos atuais (PIS e Cofins) continuam em vigor.

📌 2027 – CBS plena e início do IBS (teste estadual/municipal)

• A CBS assume sua alíquota definitiva (estimada entre 8% e 9%). 
• Início da cobrança do IBS teste, com alíquota simbólica de 0,1%, ainda sem substituir ISS ou ICMS.

📌 2029 a 2032 – Fase de convivência dos modelos

• O sistema antigo começa a ser gradualmente substituído. 
• Alíquotas antigas (ISS, PIS, Cofins, ICMS) são reduzidas progressivamente. 
• CBS e IBS passam a ter maior peso na arrecadação. 
• Empresas precisarão escriturar os dois sistemas simultaneamente.

📌 2033 – Extinção do modelo antigo

• PIS, Cofins, ISS e ICMS são totalmente extintos. 
• Apenas CBS e IBS permanecerão ativos.

➡️ Para clínicas médicas, essa fase exigirá dupla apuração, novos layouts de nota fiscal, e ajustes em sistemas de gestão financeira e contábil.

Como as clínicas devem se planejar nos próximos anos

Diante desse cenário, é indispensável que clínicas iniciem um planejamento tributário estratégico. A convivência entre os sistemas antigo e novo pode resultar em bitributação, erros operacionais e aumento de carga, caso o negócio não esteja preparado.

Veja algumas recomendações práticas:

• Mapeie os impactos da CBS e IBS nas receitas e despesas da clínica; 
• Simule os cenários de carga tributária considerando os créditos que poderão ser aproveitados; 
• Reavalie se o regime tributário atual continuará sendo o mais vantajoso; 
• Invista em tecnologia contábil capaz de lidar com obrigações acessórias dos dois sistemas; 
• Planeje capacitação da equipe administrativa e fiscal; 
• Consulte um contador especializado no setor de saúde.

➡️ A Contabiliza+ Contabilidade já está orientando seus clientes com base nas projeções da reforma e desenvolvendo estratégias personalizadas para cada clínica médica, de acordo com porte, regime e localização.

Reorganização societária e eficiência tributária

Com a extinção de benefícios como o ISS fixo e a possível redução da atratividade do Simples Nacional, muitas clínicas precisarão avaliar reorganizações societárias para otimizar a carga tributária no novo sistema.

Algumas possibilidades incluem:

• Transformar clínicas uniprofissionais em sociedades empresariais, permitindo uso de créditos e maior estruturação financeira; 
• Constituir holdings médicas, que possibilitam separação patrimonial, planejamento sucessório e eficiência tributária; 
• Reavaliar contratos com sócios prestadores de serviço, pró-labore e distribuição de lucros; 
• Considerar a mudança de regime tributário antes de 2029, para alinhar o modelo ao novo sistema.

A reorganização jurídica e contábil deve ser conduzida com apoio especializado, para que seja feita dentro da lei e com foco em maximizar o aproveitamento de créditos e reduzir riscos tributários futuros.

Como a Contabiliza+ Contabilidade pode ajudar sua clínica a se preparar?

A Contabiliza+ Contabilidade é especializada no atendimento de clínicas médicas, consultórios e profissionais da saúde. 

Com uma equipe técnica atualizada e atenta às mudanças da legislação, oferecemos consultoria tributária completa para sua clínica se preparar e adaptar à nova realidade.

Veja como podemos te ajudar:

• Análise do impacto da reforma tributária no seu modelo atual; 
• Simulações comparativas entre regimes (Simples, Presumido, Real e pós-reforma); 
• Planejamento tributário personalizado com foco em economia legal de impostos; 
• Apoio para reorganização societária e abertura de novas empresas, inclusive holdings médicas; 
• Estruturação de controles para aproveitamento de créditos da CBS e IBS; 
• Atualização contábil e fiscal para adaptação às novas regras e obrigações acessórias; 
• Suporte contábil estratégico e humanizado, com foco em resultados.

Sabemos que a reforma tributária exige muito mais do que cálculos, exige visão de futuro. Por isso, nós estamos ao lado da sua clínica para garantir conformidade fiscal, eficiência tributária e segurança jurídica em todos os momentos.

👉 Entre em contato com a Contabiliza+ Contabilidade e prepare sua clínica para a nova realidade tributária com estratégia e segurança.