Como emitir nota fiscal de serviços médicos: tudo o que você precisa saber

Emitir nota fiscal de serviços médicos é uma etapa essencial para médicos que atuam como pessoa jurídica (PJ) em clínicas, consultórios ou hospitais. 

Mais do que uma obrigação fiscal, a emissão correta da nota garante segurança jurídica, transparência nos serviços prestados e é exigida por diversas instituições contratantes.

Se você é médico e ainda não sabe como emitir nota fiscal, quais os requisitos legais para isso ou se compensa atuar como PJ, este artigo vai esclarecer tudo. Vamos explicar desde a necessidade de ter CNPJ, passando pelo passo a passo para abrir sua empresa, até a comparação entre os impostos pagos como pessoa física e jurídica.

Acompanhe este guia completo da Contabiliza+ Contabilidade e descubra como se regularizar e aproveitar todos os benefícios de atuar como médico PJ!

Por que médicos precisam emitir nota fiscal?

Médicos que prestam serviços para clínicas, hospitais ou operadoras de saúde, de forma autônoma ou como PJ, devem emitir nota fiscal de serviços médicos para comprovar legalmente suas atividades profissionais.

A nota fiscal é o documento que formaliza a prestação do serviço e é fundamental para:

• Receber pagamentos de forma legal e com respaldo jurídico

• Cumprir as exigências de empresas e instituições contratantes

• Prestar contas ao fisco (evitar problemas com a Receita Federal)

• Possibilitar dedução de despesas para fins de imposto de renda

• Manter uma boa organização financeira

Ou seja, mesmo que você não tenha um consultório próprio, se prestar serviços a terceiros, será solicitado que emita nota fiscal. Mas para isso, é preciso dar um passo importante: ter um CNPJ.

Médicos precisam de CNPJ para emitir nota fiscal

Um ponto importante que causa confusão: médico não pode ser MEI (Microempreendedor Individual). Isso porque a atividade médica é regulamentada e de alto risco, o que a exclui do regime simplificado do MEI.

Portanto, para emitir nota fiscal de serviços médicos, é obrigatório abrir uma empresa (CNPJ) sob outro regime, geralmente como:

• Empresário Individual

• Sociedade Simples

• Sociedade Limitada Unipessoal (SLU)

Essas opções permitem ao médico atuar como pessoa jurídica, emitir nota fiscal, ter contratos com hospitais, participar de licitações e ainda pagar menos impostos do que como pessoa física.

Passo a passo para abrir um CNPJ como médico

Veja agora o passo a passo completo para você, médico, abrir sua empresa e começar a emitir suas notas fiscais com total segurança:

1. Definir o tipo de empresa

Como médico, o ideal é optar por modelos que atendam à legislação da saúde, como:

• Sociedade Simples: formada por dois ou mais profissionais da área da saúde.

• SLU (Sociedade Limitada Unipessoal): permite abrir empresa sozinho, sem sócios.

• Empresário Individual: menos comum, pois tem maior risco ao patrimônio pessoal.

A SLU tem sido a escolha preferida de médicos que desejam autonomia, segurança jurídica e liberdade para prestar serviços para diversas instituições.

2. Escolher o CNAE correto

CNAE é o código da atividade da empresa. Para médicos, os principais são:

• 8630-5/03 – Atividade médica ambulatorial restrita a consultas 
• 8630-5/02 – Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares 
• 8610-1/02 – Atividades de atendimento em pronto socorro e unidades hospitalares para atendimento a urgências
• 8610-1/01 – Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto socorro e unidades para atendimento a urgências

É com base nesse código que será determinado o enquadramento tributário e a possibilidade de emissão da nota fiscal de serviços médicos.

3. Elaborar o contrato social

Se for sociedade, é necessário um contrato social. Se for SLU, elabora-se um ato constitutivo. Esse documento será registrado na Junta Comercial do seu estado e é essencial para formalizar a empresa.

4. Registro na Junta Comercial

Com os documentos prontos, é hora de registrar a empresa na Junta Comercial. Após esse registro, será possível solicitar o CNPJ junto à Receita Federal.

5. Obter o CNPJ

O contador pode fazer a solicitação do CNPJ no portal da Receita Federal. Com o número do CNPJ em mãos, o médico PJ já está formalizado, mas ainda precisa de mais algumas etapas para emitir notas fiscais.

6. Inscrição Municipal

A inscrição municipal é obrigatória para empresas prestadoras de serviço. Ela permite que o médico se registre no município onde atuará, habilitando-o para emissão de nota fiscal de serviços médicos.

7. Liberação da Nota Fiscal Eletrônica (NFS-e)

Após a inscrição, é necessário solicitar à prefeitura a autorização para emitir notas fiscais eletrônicas. O processo varia de cidade para cidade, mas normalmente envolve:

• Cadastro no sistema da prefeitura

• Assinatura digital (certificado digital tipo A1 ou A3)

• Autorização da empresa para acesso ao emissor de notas

A partir daí, o médico já pode emitir suas notas fiscais online, sempre que prestar um serviço.

Vantagens de emitir nota fiscal como médico PJ

Além de ser uma exigência legal, a emissão da nota fiscal de serviços médicos proporciona várias vantagens. Veja as principais:

1. Acesso a melhores oportunidades

Hospitais, clínicas e operadoras de saúde geralmente preferem contratar médicos PJ, pois isso facilita os trâmites legais e reduz encargos trabalhistas.

Ter CNPJ e emitir nota fiscal é um diferencial competitivo para conquistar bons contratos.

2. Menor carga tributária

Uma das maiores vantagens é a redução de impostos. Enquanto a tributação na pessoa física pode chegar a 27,5% no IRPF, na pessoa jurídica pode ser bem menor, dependendo do regime escolhido (Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real).

3. Dedução de despesas

A depender do regime tributário, na pessoa jurídica, o médico pode deduzir despesas operacionais, como:

• Aluguel de sala

• Equipamentos médicos

• Contabilidade

• Internet e telefone

• Transporte e combustível

Essas deduções reduzem a base de cálculo do imposto, o que aumenta o lucro líquido da empresa.

4. Maior organização financeira

Ao emitir notas fiscais e contar com o suporte de uma contabilidade especializada, o médico PJ tem mais controle das finanças, separando claramente pessoa física da jurídica, facilitando a gestão de receitas e despesas.

5. Possibilidade de expansão

Com CNPJ e tudo regularizado, o médico pode:

• Abrir um consultório próprio

• Contratar colaboradores

• Prestar serviços para múltiplas instituições

• Investir no crescimento profissional

Comparativo: impostos na pessoa física x pessoa jurídica

 

Tipo de Atuação	Tributo Principal	Alíquota Máxima	Possibilidade de Crescimento
Pessoa Física (autônomo)	IRPF + INSS	Até 27,5% + 20% INSS	Restrita
Pessoa Jurídica (PJ)	Simples ou Lucro Presumido	A partir de 6% (média)	Alta

Como é possível perceber, ao optar pela abertura de empresa e emissão de nota fiscal de serviços médicos, o profissional tem mais economia, controle e flexibilidade.

Como emitir nota fiscal de serviços médicos na prática?

Uma vez com o CNPJ ativo e com a liberação da prefeitura para emissão de notas fiscais, o processo é simples e pode ser feito 100% online. Veja um exemplo de como funciona:

Passo a passo básico:

1. Acesse o sistema da prefeitura do seu município (NFS-e)

2. Faça login com seu certificado digital ou senha

3. Clique em “Emitir Nota Fiscal”

4. Preencha os dados do serviço:
   • Nome do paciente ou hospital

   • Descrição do procedimento

   • Valor

   • Data da realização

5. Verifique os impostos destacados (ISS, por exemplo)

6. Clique em “Emitir” ou “Gerar Nota”

7. Faça o download ou envie por e-mail

Se você utilizar um sistema de gestão ou tiver apoio da contabilidade, esse processo pode ser ainda mais automatizado e seguro.

Atenção com obrigações acessórias

Emitir nota fiscal de serviços médicos é só uma parte da formalização. O médico PJ também deve:

• Fazer a declaração de faturamento mensal (obrigação fiscal)

• Recolher os impostos devidos dentro do prazo

• Entregar declarações anuais e mensais

• Manter contabilidade regular (balancetes, livros, etc.)

Por isso, é fundamental contar com uma contabilidade especializada em profissionais da saúde, que entenda da legislação e evite riscos e multas.

Tipos de nota fiscal para serviços médicos: o que você precisa saber

Ao emitir uma nota fiscal de serviços médicos, o profissional precisa entender os tipos existentes e suas finalidades. Isso evita erros e garante que a documentação esteja de acordo com a legislação.

1. Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e)

É o tipo mais comum para médicos prestadores de serviço. Ela é emitida eletronicamente por meio do sistema da prefeitura do município onde o serviço foi realizado.

• Obrigatória para profissionais que atuam como pessoa jurídica

• Imposto incidente: ISS (Imposto sobre Serviços)

• Requisitos: CNPJ ativo, Inscrição Municipal e certificado digital (na maioria das cidades)

Cada cidade tem seu sistema próprio de emissão. Por isso, é importante que o contador oriente sobre as regras locais.

2. Nota Fiscal Avulsa

Em alguns municípios, médicos que ainda não têm CNPJ podem solicitar a nota fiscal avulsa. Ela é emitida diretamente na prefeitura.

⚠️ Vale lembrar que a nota avulsa pode ser aceita apenas de forma temporária ou emergencial. O ideal é regularizar o quanto antes e adotar a emissão via NFS-e.

Como funciona a tributação para médicos que emitem nota fiscal?

Um dos principais motivos que leva médicos a abrirem um CNPJ é a redução da carga tributária. Mas como funciona essa tributação?

Simples Nacional

Para médicos, a tabela utilizada no Simples Nacional é o Anexo III ou V, dependendo da folha de pagamento (fator R).

• Alíquotas a partir de 6% sobre o faturamento

• Se a folha de pagamento for superior a 28% do faturamento → Anexo III (menor imposto)

• Se não atingir esse percentual → Anexo V (alíquota maior, iniciando em 15,5%)

Exemplo: um médico PJ que fatura R$ 20.000 por mês pode pagar cerca de R$ 1.200 de imposto no Simples Nacional, enquanto na pessoa física, esse valor seria bem mais alto.

Lucro Presumido

Outra opção viável para médicos com faturamento mais alto é o Lucro Presumido.

• Impostos aproximados: 13,33% a 16,33% sobre o faturamento

• Ideal para quem tem despesas operacionais baixas

• Permite dedução do IR na pessoa física com base na distribuição de lucros

Atuação como PJ: quais serviços médicos exigem nota fiscal?

Muitos médicos têm dúvidas sobre quando realmente é necessário emitir nota fiscal. Veja alguns exemplos de situações em que a nota fiscal de serviços médicos é exigida:

• Atendimento como plantonista em hospitais

• Atendimento ambulatorial para convênios

• Consultas particulares realizadas por meio de clínica com CNPJ

• Participação em cirurgias como prestador autônomo

• Contratos com operadoras de planos de saúde

Na prática, qualquer prestação de serviço com remuneração e sem vínculo empregatício direto exige emissão de nota fiscal.

Integração da emissão de nota com sistemas de gestão médica

Para médicos que já atuam como PJ e emitem diversas notas todos os meses, o ideal é buscar integração com sistemas de gestão médica. Isso facilita o processo e evita erros.

Esses sistemas permitem:

• Geração automática das notas com base nos atendimentos

• Emissão em lote para convênios e operadoras de saúde

• Integração com o sistema da prefeitura

• Controle financeiro centralizado

🔐 Além disso, a integração com um certificado digital tipo A1 torna o processo mais ágil, já que não exige inserção manual do token físico.

Dica extra: organize sua agenda fiscal com apoio contábil

Emitir nota fiscal de serviços médicos exige atenção aos prazos e obrigações mensais. Por isso, uma dica fundamental é ter uma contabilidade especializada para cuidar de:

• Emissão correta das notas fiscais

• Apuração dos impostos mensalmente

• Entrega das obrigações acessórias (como DEFIS, DAS, DCTF, etc.)

• Planejamento tributário anual

• Assessoria sobre contratos de prestação de serviço

Com isso, o médico evita erros, atrasos, multas e ainda aproveita melhor os benefícios da vida como PJ.

Como armazenar e organizar as notas fiscais emitidas?

Após emitir suas notas fiscais de serviços médicos, é fundamental manter uma boa organização dos documentos fiscais. 

O ideal é armazená-los digitalmente, com backup em nuvem, identificando cada nota por data, valor e nome do contratante. Essa prática facilita o envio das informações para a contabilidade, além de ser essencial para eventuais fiscalizações ou conferências futuras. 

Muitas prefeituras mantêm o histórico das NFS-e em seus próprios sistemas, mas contar com uma pasta organizada por mês evita contratempos. 

Para facilitar, muitos médicos utilizam ERPs ou sistemas de gestão financeira com integração direta à emissão de notas.

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