Emitir nota fiscal de serviços médicos é uma etapa essencial para médicos que atuam como pessoa jurídica (PJ) em clínicas, consultórios ou hospitais. 

Mais do que uma obrigação fiscal, a emissão correta da nota garante segurança jurídica, transparência nos serviços prestados e é exigida por diversas instituições contratantes.

Se você é médico e ainda não sabe como emitir nota fiscal, quais os requisitos legais para isso ou se compensa atuar como PJ, este artigo vai esclarecer tudo. Vamos explicar desde a necessidade de ter CNPJ, passando pelo passo a passo para abrir sua empresa, até a comparação entre os impostos pagos como pessoa física e jurídica.

Acompanhe este guia completo da Contabiliza+ Contabilidade e descubra como se regularizar e aproveitar todos os benefícios de atuar como médico PJ!

Por que médicos precisam emitir nota fiscal?

Médicos que prestam serviços para clínicas, hospitais ou operadoras de saúde, de forma autônoma ou como PJ, devem emitir nota fiscal de serviços médicos para comprovar legalmente suas atividades profissionais.

A nota fiscal é o documento que formaliza a prestação do serviço e é fundamental para:

• Receber pagamentos de forma legal e com respaldo jurídico

• Cumprir as exigências de empresas e instituições contratantes

• Prestar contas ao fisco (evitar problemas com a Receita Federal)

• Possibilitar dedução de despesas para fins de imposto de renda

• Manter uma boa organização financeira

Ou seja, mesmo que você não tenha um consultório próprio, se prestar serviços a terceiros, será solicitado que emita nota fiscal. Mas para isso, é preciso dar um passo importante: ter um CNPJ.

Médicos precisam de CNPJ para emitir nota fiscal

Um ponto importante que causa confusão: médico não pode ser MEI (Microempreendedor Individual). Isso porque a atividade médica é regulamentada e de alto risco, o que a exclui do regime simplificado do MEI.

Portanto, para emitir nota fiscal de serviços médicos, é obrigatório abrir uma empresa (CNPJ) sob outro regime, geralmente como:

• Empresário Individual

• Sociedade Simples

• Sociedade Limitada Unipessoal (SLU)

Essas opções permitem ao médico atuar como pessoa jurídica, emitir nota fiscal, ter contratos com hospitais, participar de licitações e ainda pagar menos impostos do que como pessoa física.

Passo a passo para abrir um CNPJ como médico

Veja agora o passo a passo completo para você, médico, abrir sua empresa e começar a emitir suas notas fiscais com total segurança:

1. Definir o tipo de empresa

Como médico, o ideal é optar por modelos que atendam à legislação da saúde, como:

• Sociedade Simples: formada por dois ou mais profissionais da área da saúde.

• SLU (Sociedade Limitada Unipessoal): permite abrir empresa sozinho, sem sócios.

• Empresário Individual: menos comum, pois tem maior risco ao patrimônio pessoal.

A SLU tem sido a escolha preferida de médicos que desejam autonomia, segurança jurídica e liberdade para prestar serviços para diversas instituições.

2. Escolher o CNAE correto

CNAE é o código da atividade da empresa. Para médicos, os principais são:

• 8630-5/03 – Atividade médica ambulatorial restrita a consultas 
• 8630-5/02 – Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares 
• 8610-1/02 – Atividades de atendimento em pronto socorro e unidades hospitalares para atendimento a urgências
• 8610-1/01 – Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto socorro e unidades para atendimento a urgências

É com base nesse código que será determinado o enquadramento tributário e a possibilidade de emissão da nota fiscal de serviços médicos.

3. Elaborar o contrato social

Se for sociedade, é necessário um contrato social. Se for SLU, elabora-se um ato constitutivo. Esse documento será registrado na Junta Comercial do seu estado e é essencial para formalizar a empresa.

4. Registro na Junta Comercial

Com os documentos prontos, é hora de registrar a empresa na Junta Comercial. Após esse registro, será possível solicitar o CNPJ junto à Receita Federal.

5. Obter o CNPJ

O contador pode fazer a solicitação do CNPJ no portal da Receita Federal. Com o número do CNPJ em mãos, o médico PJ já está formalizado, mas ainda precisa de mais algumas etapas para emitir notas fiscais.

6. Inscrição Municipal

A inscrição municipal é obrigatória para empresas prestadoras de serviço. Ela permite que o médico se registre no município onde atuará, habilitando-o para emissão de nota fiscal de serviços médicos.

7. Liberação da Nota Fiscal Eletrônica (NFS-e)

Após a inscrição, é necessário solicitar à prefeitura a autorização para emitir notas fiscais eletrônicas. O processo varia de cidade para cidade, mas normalmente envolve:

• Cadastro no sistema da prefeitura

• Assinatura digital (certificado digital tipo A1 ou A3)

• Autorização da empresa para acesso ao emissor de notas

A partir daí, o médico já pode emitir suas notas fiscais online, sempre que prestar um serviço.

Vantagens de emitir nota fiscal como médico PJ

Além de ser uma exigência legal, a emissão da nota fiscal de serviços médicos proporciona várias vantagens. Veja as principais:

1. Acesso a melhores oportunidades

Hospitais, clínicas e operadoras de saúde geralmente preferem contratar médicos PJ, pois isso facilita os trâmites legais e reduz encargos trabalhistas.

Ter CNPJ e emitir nota fiscal é um diferencial competitivo para conquistar bons contratos.

2. Menor carga tributária

Uma das maiores vantagens é a redução de impostos. Enquanto a tributação na pessoa física pode chegar a 27,5% no IRPF, na pessoa jurídica pode ser bem menor, dependendo do regime escolhido (Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real).

3. Dedução de despesas

A depender do regime tributário, na pessoa jurídica, o médico pode deduzir despesas operacionais, como:

• Aluguel de sala

• Equipamentos médicos

• Contabilidade

• Internet e telefone

• Transporte e combustível

Essas deduções reduzem a base de cálculo do imposto, o que aumenta o lucro líquido da empresa.

4. Maior organização financeira

Ao emitir notas fiscais e contar com o suporte de uma contabilidade especializada, o médico PJ tem mais controle das finanças, separando claramente pessoa física da jurídica, facilitando a gestão de receitas e despesas.

5. Possibilidade de expansão

Com CNPJ e tudo regularizado, o médico pode:

• Abrir um consultório próprio

• Contratar colaboradores

• Prestar serviços para múltiplas instituições

• Investir no crescimento profissional

Comparativo: impostos na pessoa física x pessoa jurídica

 

Tipo de Atuação	Tributo Principal	Alíquota Máxima	Possibilidade de Crescimento
Pessoa Física (autônomo)	IRPF + INSS	Até 27,5% + 20% INSS	Restrita
Pessoa Jurídica (PJ)	Simples ou Lucro Presumido	A partir de 6% (média)	Alta

Como é possível perceber, ao optar pela abertura de empresa e emissão de nota fiscal de serviços médicos, o profissional tem mais economia, controle e flexibilidade.

Como emitir nota fiscal de serviços médicos na prática?

Uma vez com o CNPJ ativo e com a liberação da prefeitura para emissão de notas fiscais, o processo é simples e pode ser feito 100% online. Veja um exemplo de como funciona:

Passo a passo básico:

1. Acesse o sistema da prefeitura do seu município (NFS-e)

2. Faça login com seu certificado digital ou senha

3. Clique em “Emitir Nota Fiscal”

4. Preencha os dados do serviço:
   • Nome do paciente ou hospital

   • Descrição do procedimento

   • Valor

   • Data da realização

5. Verifique os impostos destacados (ISS, por exemplo)

6. Clique em “Emitir” ou “Gerar Nota”

7. Faça o download ou envie por e-mail

Se você utilizar um sistema de gestão ou tiver apoio da contabilidade, esse processo pode ser ainda mais automatizado e seguro.

Atenção com obrigações acessórias

Emitir nota fiscal de serviços médicos é só uma parte da formalização. O médico PJ também deve:

• Fazer a declaração de faturamento mensal (obrigação fiscal)

• Recolher os impostos devidos dentro do prazo

• Entregar declarações anuais e mensais

• Manter contabilidade regular (balancetes, livros, etc.)

Por isso, é fundamental contar com uma contabilidade especializada em profissionais da saúde, que entenda da legislação e evite riscos e multas.

Tipos de nota fiscal para serviços médicos: o que você precisa saber

Ao emitir uma nota fiscal de serviços médicos, o profissional precisa entender os tipos existentes e suas finalidades. Isso evita erros e garante que a documentação esteja de acordo com a legislação.

1. Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e)

É o tipo mais comum para médicos prestadores de serviço. Ela é emitida eletronicamente por meio do sistema da prefeitura do município onde o serviço foi realizado.

• Obrigatória para profissionais que atuam como pessoa jurídica

• Imposto incidente: ISS (Imposto sobre Serviços)

• Requisitos: CNPJ ativo, Inscrição Municipal e certificado digital (na maioria das cidades)

Cada cidade tem seu sistema próprio de emissão. Por isso, é importante que o contador oriente sobre as regras locais.

2. Nota Fiscal Avulsa

Em alguns municípios, médicos que ainda não têm CNPJ podem solicitar a nota fiscal avulsa. Ela é emitida diretamente na prefeitura.

⚠️ Vale lembrar que a nota avulsa pode ser aceita apenas de forma temporária ou emergencial. O ideal é regularizar o quanto antes e adotar a emissão via NFS-e.

Como funciona a tributação para médicos que emitem nota fiscal?

Um dos principais motivos que leva médicos a abrirem um CNPJ é a redução da carga tributária. Mas como funciona essa tributação?

Simples Nacional

Para médicos, a tabela utilizada no Simples Nacional é o Anexo III ou V, dependendo da folha de pagamento (fator R).

• Alíquotas a partir de 6% sobre o faturamento

• Se a folha de pagamento for superior a 28% do faturamento → Anexo III (menor imposto)

• Se não atingir esse percentual → Anexo V (alíquota maior, iniciando em 15,5%)

Exemplo: um médico PJ que fatura R$ 20.000 por mês pode pagar cerca de R$ 1.200 de imposto no Simples Nacional, enquanto na pessoa física, esse valor seria bem mais alto.

Lucro Presumido

Outra opção viável para médicos com faturamento mais alto é o Lucro Presumido.

• Impostos aproximados: 13,33% a 16,33% sobre o faturamento

• Ideal para quem tem despesas operacionais baixas

• Permite dedução do IR na pessoa física com base na distribuição de lucros

Atuação como PJ: quais serviços médicos exigem nota fiscal?

Muitos médicos têm dúvidas sobre quando realmente é necessário emitir nota fiscal. Veja alguns exemplos de situações em que a nota fiscal de serviços médicos é exigida:

• Atendimento como plantonista em hospitais

• Atendimento ambulatorial para convênios

• Consultas particulares realizadas por meio de clínica com CNPJ

• Participação em cirurgias como prestador autônomo

• Contratos com operadoras de planos de saúde

Na prática, qualquer prestação de serviço com remuneração e sem vínculo empregatício direto exige emissão de nota fiscal.

Integração da emissão de nota com sistemas de gestão médica

Para médicos que já atuam como PJ e emitem diversas notas todos os meses, o ideal é buscar integração com sistemas de gestão médica. Isso facilita o processo e evita erros.

Esses sistemas permitem:

• Geração automática das notas com base nos atendimentos

• Emissão em lote para convênios e operadoras de saúde

• Integração com o sistema da prefeitura

• Controle financeiro centralizado

🔐 Além disso, a integração com um certificado digital tipo A1 torna o processo mais ágil, já que não exige inserção manual do token físico.

Dica extra: organize sua agenda fiscal com apoio contábil

Emitir nota fiscal de serviços médicos exige atenção aos prazos e obrigações mensais. Por isso, uma dica fundamental é ter uma contabilidade especializada para cuidar de:

• Emissão correta das notas fiscais

• Apuração dos impostos mensalmente

• Entrega das obrigações acessórias (como DEFIS, DAS, DCTF, etc.)

• Planejamento tributário anual

• Assessoria sobre contratos de prestação de serviço

Com isso, o médico evita erros, atrasos, multas e ainda aproveita melhor os benefícios da vida como PJ.

Como armazenar e organizar as notas fiscais emitidas?

Após emitir suas notas fiscais de serviços médicos, é fundamental manter uma boa organização dos documentos fiscais. 

O ideal é armazená-los digitalmente, com backup em nuvem, identificando cada nota por data, valor e nome do contratante. Essa prática facilita o envio das informações para a contabilidade, além de ser essencial para eventuais fiscalizações ou conferências futuras. 

Muitas prefeituras mantêm o histórico das NFS-e em seus próprios sistemas, mas contar com uma pasta organizada por mês evita contratempos. 

Para facilitar, muitos médicos utilizam ERPs ou sistemas de gestão financeira com integração direta à emissão de notas.

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A redução de imposto para médicos é um assunto muito importante, tendo em vista que com estratégia fiscal, é possível economizar de forma legal na hora de fazer o acerto de contas com o fisco.

Com ações inteligentes de redução de impostos, muitos profissionais da área médica estão conseguindo maximizar seus rendimentos líquidos, e assim, colocando mais dinheiro no bolso, sem que isso exija mais horas de trabalho.

Diante da importância do assunto e na qualidade de contabilidade especializada na área da saúde, a equipe da Contabiliza+ não poderia deixar de preparar um conteúdo para informar você sobre o tema.

Para saber mais e conferir o que a nossa equipe separou para você, continue conosco e acompanhe este artigo até o final.

Imposto para médicos na pessoa física

Por não receber orientação de uma assessoria contábil especializada, muitos médicos acabam desenvolvendo suas atividades como pessoa física, e com isso, pagam mais impostos que o necessário.

De acordo com a legislação em vigor, médicos que atuam como pessoa física, precisam recolher até 27,50% em Imposto de Renda sobre seus rendimentos, conforme faixas de faturamento e alíquotas da tabela abaixo: Confira:

Base de cálculo	Alíquota	Parcela a deduzir
Até 2.259.20	Isento	Isento
De 2.259,21 até 2.826,65	7,50%	R$ 169,44
De 2.826,66 até 3.751,05	15%	R$ 381,44
De 3.751,06 até 4.664,68	22,50%	R$ 662,66
Acima de 4.664,68	27,50%	R$ 896,00

 

O desconto do Imposto de Renda é feito diretamente na folha de pagamento daqueles que trabalham com algum tipo de vínculo empregatício, seja CLT ou estatutário.

Por sua vez, aqueles que atendem os clientes de forma autônoma, diretamente na pessoa física, precisam assumir mensalmente a responsabilidade de preencher o carnê leão para imprimir a guia e recolher o Imposto de Renda devido.

Além disso, no caso dos médicos autônomos, ou seja, sem vínculo empregatício, é preciso levar em consideração a obrigatoriedade de contribuir para o ISS (Imposto Sobre Serviços), um tributo municipal cuja alíquota pode chegar a 5%.

Somando todos os itens com a contribuição previdenciária obrigatória, podemos afirmar que a utilização de estratégias que ajudem na redução de impostos para médicos é urgente.

Imposto para médicos na pessoa jurídica

Na pessoa física a carga tributária dos médicos é muito elevada. No entanto, a boa notícia é que como pessoa jurídica, ou seja, através de um CNPJ, é possível encontrar alternativas para pagar menos impostos.

Médicos que buscam a orientação de uma contabilidade especializada e decidem abrir um CNPJ, podem recolher seus impostos em regimes tributários econômicos, como o Simples Nacional e o Lucro Presumido.

Na sequência, vamos explicar de forma detalhada como esses regimes funcionam e listar suas respectivas alíquotas. Vale a pena conferir!

Simples Nacional para médicos

O Simples Nacional é uma excelente opção para médicos, principalmente para aqueles que faturam até R$ 180 mil por ano (média de R$ 15 mil mensais).

Neste regime, o pagamento dos impostos é feito através de uma única guia mensal, o que simplifica o processo de recolhimento. 

A regra utilizada para o cálculo dos impostos dos médicos optantes pelo Simples Nacional é conhecida como Fator R, e diz basicamente o seguinte:

• Caso o valor gasto com folha de pagamento (incluindo o próprio pró-labore do médico) seja igual ou superior a 28% do faturamento, o profissional é tributado conforme as alíquotas do Anexo III, com taxas a partir de 6%.

Anexo III

Faixa	Receita em 12 meses	Alíquota	Valor a deduzir
1ª	Até 180.000,00	6,00%	—
2ª	De 180.000,01 a 360.000,00	11,20%	R$ 9.360,00
3ª	De 360.000,01 a 720.000,00	13,20%	R$ 17.640,00
4ª	De 720.000,01 a 1.800.000,00	16,00%	R$ 35.640,00
5ª	De 1.800.000,01 a 3.600.000,00	21,00%	R$ 125.640,00
6ª	De 3.600.000,01 a 4.800.000,00	33,00%	R$ 648.000,00

 

• Caso o valor gasto com folha de pagamento (incluindo o próprio pró-labore do médico) seja inferior a 28% do faturamento, o profissional é tributado conforme as alíquotas do Anexo V, com taxas a partir de 15,50%.

Anexo V

Faixa	Receita em 12 meses	Alíquota	Valor a deduzir
1ª	Até 180.000,00	15,50%	—
2ª	De 180.000,01 a 360.000,00	18,00%	R$ 4.500,00
3ª	De 360.000,01 a 720.000,00	19,50%	R$ 9.900,00
4ª	De 720.000,01 a 1.800.000,00	20,50%	R$ 17.100,00
5ª	De 1.800.000,01 a 3.600.000,00	23,00%	R$ 62.100,00
6ª	De 3.600.000,01 a 4.800.000,00	30,50%	R$ 540.000,00

 

Dentre as opções disponíveis, o Anexo III é a opção mais interessante para os médicos, especialmente para aqueles que faturam até R$ 180 mil por ano (média de R$ 15 mil por mês), uma vez que nessa faixa a alíquota é de apenas 6%.

Além disso, vale destacar que considerando as deduções, a alíquota efetiva máxima do Simples Nacional é de 19,50%, ou seja, mesmo faturando um valor extremamente alto, o médico ainda pode pagar menos impostos como pessoa jurídica.

Lucro Presumido para médicos

O Lucro Presumido é uma outra opção que pode ser muito interessante quando o assunto é a redução de imposto para médicos. 

Neste regime, a tributação é calculada com base em uma margem presumida de lucro, e os impostos são pagos individualmente.

Para os médicos, as alíquotas do Lucro Presumido são resumidamente, as seguintes:

• Impostos Federais: Alíquota fixa de 11,33% sobre o faturamento;
• ISS (Imposto sobre Serviços): Alíquota que varia entre 2% e 5%, conforme o estabelecido por cada município.

Sendo assim, a carga tributária total para médicos no Lucro Presumido pode variar de 13,33% a 16,33% do faturamento.

Diante de tudo o que foi apresentado até aqui, não tenha dúvidas, o segredo da redução de imposto para médicos está na abertura de CNPJ. 

Mas, afinal, como abrir um CNPJ e começar a pagar menos impostos? A resposta para essa pergunta você confere no passo a passo completo que apresentaremos no próximo tópico!

Redução de imposto para médicos: veja como abrir um CNPJ

Agora que você já sabe que a redução de imposto para médico está diretamente ligada com a decisão de abrir um CNPJ, é hora de conferir o passo a passo para tirar os seus planos do papel.

1.Contrate uma contabilidade especializada

Quando o objetivo é abrir um CNPJ para alcançar a redução de imposto para médicos, o suporte de uma contabilidade especializada como a Contabiliza+, pode fazer toda diferença.

Nosso time de especialistas vai esclarecer suas dúvidas, conduzir todos os trâmites para abertura do seu CNPJ e lhe ajudar a pagar menos impostos.

Além disso, vamos assegurar que todas as suas obrigações sejam mantidas em dia com o fisco, para que dessa forma, você não tenha qualquer tipo de dor de cabeça.

2.Separe a documentação necessária

Por sua vez, logo em seguida, é preciso separar a documentação necessária para abertura do CNPJ, o que inclui:

• Documentos pessoais (RG, CPF ou CNH);
• Comprovante de residência;
• IPTU do local onde será registrado o consultório;
• Registro no CRM (Conselho Regional de Medicina).

3.Escolha o tipo de CNPJ e regime tributário

Antes de abrir o CNPJ, com a orientação da contabilidade, será necessário escolher o formato de formalização da pessoa jurídica.

Existem diferentes tipos de PJ para médicos que desejam desenvolver suas atividades através de um CNPJ. Dentre as opções, podemos destacar:

• Sociedade Limitada Unipessoal (SLU): Natureza jurídica indicada para pessoas que desejam abrir uma empresa individual, ou seja, sem precisar encontrar um sócio para dividir direitos e responsabilidades.
• Sociedade Empresária Limitada (LTDA): Natureza jurídica que pode ser utilizada por médicos que desejam abrir uma empresa em sociedade com terceiros, que por sua vez, não precisam de formação na mesma área.
• Sociedade Simples (S/S): Natureza jurídica para médicos que desejam constituir uma sociedade para exercer a profissão de forma associada.

Dito isso, com relação ao regime tributário, a contabilidade vai analisar se a melhor opção é o Simples Nacional ou o Lucro Presumido.

4.Registro e abertura do CNPJ

Por sua vez, com os documentos necessários em mãos, a contabilidade irá conduzir os trâmites para abertura do seu CNPJ, o que inclui:

• Registro na Junta Comercial do Estado;
• Emissão do CNPJ na Receita Federal;
• Emissão da Inscrição Municipal;
• Liberação do Alvará de Localização e Funcionamento.

Ah, com tudo pronto, antes de começar a desenvolver suas atividades como médico PJ, não se esqueça da necessidade de registrar a sua pessoa jurídica no CRM – Conselho Regional de Medicina.

CNPJ e redução de impostos: médico pode ser MEI?

Quando o assunto é a redução de imposto para médicos e a abertura de CNPJ, muitos questionam se médicos podem ser MEI – Microempreendedor Individual.

Essa pergunta é recorrente em função dos benefícios que o MEI pode oferecer, dentre eles:

• Impostos em valor fixo e reduzido;
• Pagamento de impostos em guia única mensal;
• Acesso a aposentadoria e benefícios previdenciários;
• Acesso a linhas de crédito para microempreendedores;
• Permissão para emitir notas fiscais;
• Dentre outros benefícios importantes.

No entanto, o que muita gente não sabe é que o MEI possui algumas limitações, e não é um tipo de empresa que está disponível para todos os tipos de atividades.

Por mais que o MEI seja uma opção que chama muita atenção dos médicos que desejam desenvolver suas atividades como pessoa jurídica, é preciso alertar que de acordo com a legislação em vigor, médicos não podem ser MEI.

Na prática, isso acontece pois a medicina é uma atividade de cunho liberal e intelectual. Por sua vez, as atividades dessa natureza não estão presentes dentro da lista de ocupações permitidas para os microempreendedores individuais.

Contudo, a boa notícia é que você já sabe que existem outras opções em tipo de CNPJ para médicos, dentre elas, a Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) e a Sociedade Empresária Limitada (LTDA).

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